Namun, dalam praktiknya, koperasi desa tidak lepas dari berbagai tantangan struktural dan manajerial yang memengaruhi daya saingnya.
Jika tidak dikelola secara profesional, koperasi berisiko tertinggal dalam persaingan dengan retail modern yang memiliki sistem lebih mapan dan sumber daya lebih kuat.
Tantangan tersebut bukan semata-mata persoalan eksternal akibat ekspansi retail besar, melainkan juga persoalan internal yang berkaitan dengan kapasitas organisasi, kualitas sumber daya manusia, serta adaptasi terhadap perkembangan teknologi dan perubahan perilaku konsumen.
Oleh karena itu, penguatan koperasi desa harus dimulai dari pembenahan mendasar terhadap kelembagaan dan tata kelolanya.
Salah satu kendala utama koperasi desa adalah keterbatasan dalam manajemen profesional. Pengurus koperasi sering kali dipilih berdasarkan kedekatan sosial atau kepercayaan komunitas, bukan semata-mata kompetensi manajerial.
Akibatnya, perencanaan usaha, pengelolaan persediaan, serta pencatatan keuangan belum sepenuhnya dilakukan secara sistematis dan berbasis data.
Permodalan menjadi tantangan klasik yang dihadapi koperasi desa. Modal yang bersumber dari simpanan anggota umumnya terbatas ataupun melalui skema pinjaman pada Bank Himbara yang tentunya harus memenuhi ketentuan dan syarat yang berlaku, sehingga kapasitas ekspansi usaha juga relatif kecil.
